有機肥廠土地使用權的歸屬需結合土地類型和獲取方式確定，通常遵循以下原則：

土地性質與規劃

有機肥廠用地通常屬于工業用地，需符合當地土地利用總體規劃和建設要求。若涉及農用地轉用，需依法辦理審批手續，確保土地用途符合規劃。

土地使用權獲取方式

國有土地：可通過出讓、租賃等方式取得使用權。出讓需支付土地出讓金，租賃需定期支付租金，均需簽訂合同并辦理登記。

集體土地：需與村委會或農民集體達成協議，繳納使用費用，并辦理審批手續，確保用地合法合規。

使用權歸屬

土地使用權依法確定給使用單位或個人，受法律保護。企業通過合法方式(如出讓、租賃)取得使用權后，享有占有、使用、收益和有限處分的權利。

合規性要求

使用土地的單位和個人有義務保護、管理和合理利用土地，不得擅自改變土地用途。若需變更用途，需重新辦理審批手續。