高溫堆肥與普通堆肥的不同之處在于：一是高溫堆肥法在堆制時需設通氣塔、通氣溝等通氣裝置，以保堆內適量的空氣，從而有利于好氣性微生物的活動。而普通堆肥是在嫌氣性條件下進行分解；二是高溫堆肥法在操作過程中必須接種一定量的高溫纖維素分解菌，以便堆腐過程中有高溫產生，馬糞內含有該菌。因此，高溫堆肥中常加入適量的馬糞。