雞糞烘干前要對雞糞進行合理的收集，并不是所有的雞糞都適合快速烘干。首先要求雞糞的含水率在70％以下，水分太大的雞糞烘干效率低，而目所需熱能較多，運行成本高。當雞糞呈糊狀時，烘干機無法正常運轉。為了有效地控制雞糞水分含量，要切實防止水槽漏水，有條件的要安裝乳頭式飲水器。雞舍的清糞有機械清糞和人工清糞兩種方式。不論何種清糞方式，都要盡量避免用水進行沖刷，以免增加雞糞濕度。雞糞在雞舍中不要放太長時間，應根據烘干機的烘干能力將幾天的雞糞集中一天烘干。如果烘干的雞糞將用作飼料，最好做到當天的雞糞當天烘干。因為雞糞在堆積的過程中，大量的蛋白質被雞糞中的微生物分解為非蛋白氮，對豬雞失去利用價值。對于反芻動物來說，非蛋白氮的增加會限制其在飼料中的用量，而且適口性降低。另外，雞糞存放太久，會產生對畜禽有毒的成分(如亞硝酸鹽等)。