有機肥堆肥所需的通風速率、風機選型和通風管道取決于如何控制風機，風機可連續運行或間歇運行。在風機間歇運行的情況下，控制方式可分為：①時間控制，通風速率恒定；②時間控制，通風速率變化；③溫度反饋控制；④通風速率變化的時間-溫度反饋控制；⑤微電腦控制系統；⑥o₂或co₂含量反饋控制，根據控制指標的分類，通風控制有溫度反饋控制、o2含量反饋控制和由溫度與o2含量反饋控制組成的混合控制。在密閉的堆肥系統中，排氣可以循環使用，采用這種方式，可以使進、出堆體的空氣溫差減小（控制進、出氣的最大溫差為5～7℃），從而更有利于控制堆肥過程。