有機肥料又稱農家肥料，在果樹生產中，常用的有堆肥、圈肥、廄肥、綠肥，餅肥、河泥、家禽糞、人糞尿、土雜肥等。多數有機肥料需要微生物分解后，才能為植株的根系所吸收，故又稱為“遲效性肥料”，可作基肥施用。有機肥能有效地改善土壤的理化性狀，提高土壤保水、保肥能力，改善土壤通氣狀況。
一、堆肥：以農作物秸桿、雜草、莖葉、樹葉、禽畜糞便等為材料，層層堆積，經過微生物的分解腐熟而成。在微生物繁殖過程中，要保持適宜溫度、水分、通氣、酸堿度等，以利微生物的繁殖活動。
二、圈肥、廄肥：包括豬、牛、羊、雞、鴨等各種牲畜、禽獸糞，含有豐富的氮、磷、鉀等養分，經過發酵腐熟后作基肥施用。
三、人糞尿：腐熟的人糞尿，屬于速效氮素肥料，含氮多，含磷、鉀和有機質少可與速效性磷、鉀肥配合施用。入糞尿中的氨易揮發損失，一般應封閉保存，如果加入 2-3%的過磷酸鈣，不僅可固氮，還能補充人糞尿中的磷肥。人糞尿可溝施或穴施，施后立即澆水并覆土以防揮發。注意，未經腐熟的人糞尿易燒根，不要直接施用。
四、泥肥：溝、池、沼、河、塘及城鎮下水道的淤泥，都屬于泥肥。含有機質較多，是遲效性肥料，可用作果園的基肥。
五、綠肥：果園行間間作綠肥植物，可就地造肥，就地使用。不需堆制、漚制，不需田間運輸，可節約勞力。果園行間的綠肥作物以矮桿，分蘗多、根系發達，莖葉繁茂的豆科作物作綠肥為宜，避免對果樹遮光。
六、城市垃圾：由瓜果皮殼雞魚的下腳料及菜葉、樹葉、蛋殼、爐灰等組成。主要來自家庭、菜市場及清理道路的垃圾，是復合的有機肥料，含氮、磷、鉀三要素與堆肥、廄肥相似，施后可改良粘土物理結構和疏松土壤。