好氧發酵是在有氧的條件下，借助好氧微生物的作用來進行的。在發酵過程 中，生活垃圾及污泥中的溶解性有機物透過微生物的細胞壁和細胞膜而為微生物吸收利用，非溶解性的大分子物質由微生物所分泌的胞外酶分解為小分子溶解性 物質，再由細胞吸收。微生物通過自身的生命活動一氧化、還原、合成等過程， 把一部分被吸收的有機物氧化成簡單的無機物并放出生物生長活動所需要的能量，把另一部分有機物轉化為生物體所必需的營養物質，合成新的細胞物質，于是微生物逐漸生長繁殖，產生更多的生物體和胞外酶，繼續進行一系列的生化作用。