槽式發酵一般是在水泥地面上建間隔墻(為了保溫，北方地區也有建成下沉式坑槽的)，在間隔墻的頂端鋪設導軌，翻堆機在導軌上行走，并設有換軌機構，翻堆機可從一條槽移至另一條槽。槽的深度從0.7m至2.5m均有，有些在草地鋪有通氣管，一增加通氣量。

槽式發酵翻堆機具有處理量大、占地小、操作簡單、可實現無人駕駛等優點，對要求密封處理、控制環境的企業尤為適用。廢氣可集中處理，大、中、小型有機肥廠均可采用，但因為要建槽，造成發酵場固定，有一定的局限性，透氣性也沒條跺式好。

目前，一些翻堆深度大于1.5m的槽式翻堆機一般都設計有加氧裝置，可增加透氣性，這是一個很好的改進。

對于糞便型、糟渣類和纖維較多、黏性小的發酵物，可采用具有強力打碎、攪拌作用的翻堆機，這樣可以省下原料攪拌打碎這些前處理工序，減少生產環節。

同時，每一次的翻堆都是對物料進行一次打碎和攪拌，提高了物料的發酵速度，也使有機肥物料更均勻，疏松。