條垛堆肥的氧氣主要通過條垛里的熱氣上升造成的自然通風或是通過強制通風來供應，同時翻堆過程中的氣體交換也可以較小程度地供應。在強制通風條垛系統里，氧氣在鼓風機的強制或誘導通風的幫助下進入條垛。在許多堆肥文獻里，不管是強制還是誘導通風，都采用“強制通風”一詞。嚴格的說，強制通風適用于環境里的空氣在正壓力的作用下強制進入原料里面的情況；而又到通風則適用于環境里的空氣在府壓力的作用下從原料里面出來的情況。一般通風速率由條垛的空隙度決定，條垛太大，在其中心位置附近會有厭氧區，當翻動條垛時有臭氣釋放了條垛太小，其散熱迅速，堆溫不能殺滅病原體和雜草種子，水分蒸發少。