1. 農村秸稈回收主要靠人力，由于大部分地區需要搶收搶種，費力回收秸稈的收益可能比不上搶種的效益，且部分農民還要盡快結束農事回城打工，而不進行秸稈的回收，即考慮到實際經濟效益，秸稈回收存在困難。
2. 農產品加工廠廢料處理需要加設相應設備，這必然涉及設備成本問題。另外處理設備的能源耗費是否能大于其廢物利用的產品價值也需要被考慮。
3. 生活垃圾回收。國內目前沒有嚴格的垃圾分類，因此只能垃圾回收到垃圾處理廠后，再將有機垃圾與其他垃圾分揀，這需要人力物力支持。同時，雖然目前城市垃圾回收（垃圾車）在持續運轉中，但是并沒有歐州部分國家的有機垃圾管道系統，因此，其效率問題依然值得考慮。
4. 總體來看， 不論是以上哪種廢料的回收和處理，基本都需要建設相關設備或廠房。首先，建設成本是否在可接受范圍。其次，整個處理過程是否可控制在相關法律法規要求之內，是否會出現不安全因素或排放污染物。最后，產氣或產能是會加大碳排放而不是減少碳排放。
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