我國是農業生產大國，從古至今，有機肥在我國農業生產中占據著絕對的主導地位，并隨著我國農業生產的發展而不斷演變。我國政府十分重視肥料工作，號召廣辟肥源，大力積造有機肥，發展化肥生產，科學施用肥料。1949—2003 年我國糧食產量及化肥和有機肥的施用比例如下圖：

 2015年及之前，我國有機肥在肥料總投入量中的比例逐年降低：1949年99．9％，1957年91％，1965年81％，1975年66％，1980年47％，1985年44％，1990年37％，1995年降至32％，2000年繼續降至31％，2003年占比降到25％，2015年降到20%（估計值）

有機肥在我國發展主要有三個階段：

（1）原始積造肥階段：我國化肥工業起步晚，1949—1980 年期間，有機肥占據主導地位，農民大量積造有機肥，1949 年有機養分投入量占總養分投入量的99.73%（質量分數，下同），此后逐年下降，至20 世紀70 年代末下降至60%左右。

（2）化肥工業快速發展階段：1980—1995 年，隨著化肥工業迅速發展，有機肥的主導地位逐步被削弱，有機、無機養分貢獻相當，有機養分投入比例為40%~50%，這段時間內出現了一些規模化處理有機肥資源的方式。

（3）化學肥料主導階段：從1996 年至今，化肥工業迅猛發展，有機肥處于配角地位，有機養分的投入只占20-30% 左右；20 世紀末期，有機養分的投入比例基本穩定在30% 以上，可以說是“又熱”，其主要原因是我國開始提倡發展“無公害農產品”、“綠色食品”和“有機食品”等，并實行了有機質提升試點補貼工作，消費者對農產品及食品安全意識的提高和國家針對有機肥相繼出臺了免征增值稅（2008 年4 月）、“化肥零增長”（2015 年2 月）及“土十條（2016 年5 月）等政策，為有機肥產業創造了良好的發展氛圍和政策環境，促進了有機肥的快速發展。